Der Flüggenhofsee in Munster ist Anfang der 1960er Jahre entstanden.
Auf dem heutigen Gelände des Flüggenhofsees, damals „Auf dem Sülle“ genannt, wurde im Tagebau Kieselgur in der Grube "ELSE I" abgebaut. Nachdem der Kieselgurabbau eingestellt wurde, ist der Flüggenhofsee entstanden.
Den Namen hat der See von einer ehemaligen Hofstelle in Munster erhalten, dem Flüggenhof, der sich zwischen dem heutigen Ollershof und der heutigen Stadtbücherei, auf dem Gelände des heutigen Schuhhauses Meyer befand. Der Flüggenhof ist 1563 erstmalig genannt, und zwar auf den Namen Henning Flügge.
Der letzte Eigentümer, Hermann Alvermann Flüggenbur, hatte sich dem Kieselgurabbau gewidmet. Seit Mitte der 1970iger Jahre wurden die Ufer, die ehemals lediglich aus Sand bestanden, durch die Stadt Munster begrünt und befestigt. Es entstand für die Munsteraner ein Naherholungsgebiet.
Mit der Entstehung dieses Naherholungsgebiets wurde dem SAV Munster die Bewirtschaftung überlassen. Der See ist 950 m lang und zwischen 100 m und 300 m breit, die tiefsten Stellen werden mit 14 m angegeben. Das Wasser erhält der See aus teilweise sehr kalten Quellen.
Im Flüggenhofsee sind folgende Fischarten heimisch:
Aal, Barsch, Hecht, Karpfen, Schleie, Seeforelle, Weißfisch, Wels, Zander.
Im Flüggenhofsee angeln erwachsene sowie jugendliche Mitglieder des Vereins und Gastangler. Das Schongebiet befindet sich im südwestlichen Teil des Gewässers und ist durch blaue Bojen gekennzeichnet. Im Schongebiet ist das Angeln untersagt.
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